时氾嶷已至，靳允与其相见，派伏兵将其杀死。程昱又派骑兵将仓亭渡口的桥梁折了，使陈宫无法渡河。程昱至东阿，东阿县令枣祗已率百姓坚守城池。兖州从事薛悌又与程昱相谋，保全了三城。

曹操回军后，对程昱大加赞赏，执其手说：“微子之力，吾无所归矣”(《三国志·魏书·程昱传》)。并表程昱为东平相，驻范。

同年八月，曹操与吕布战于濮阳，作战不利。时蝗灾起，二人各自而归。十月，曹操至东阿，袁绍派人欲与曹操联合，将曹操迁居至邺，想伺机吞并曹操。曹操新失兖州，而且军粮将尽，有意答应。这时程昱赶到，便问：“窃闻将军欲遣家，与袁绍连和，诚有之乎?”曹操曰是，程昱说：“意者将军殆临事而惧，不然何虑之不深也?夫袁绍据燕、赵之地，有并天下之心，而智不能济也。将军自度能为之下乎?将军以龙虎之威，可为韩、彭之事邪?今兖州虽残，尚有三城。能战之士，不下万人。以将军之神武，与文若、昱等，收而用之，霸王之业可成也。愿将军更虑之”(《三国志·魏书·程昱传》)!曹操于是放弃此念。

建安元年(196年)，随曹操击败黄巾军。七月，汉献帝刘协在杨奉、董承等护卫下，从长安(今陕西西安西北)返回洛阳(今河南洛阳东北)。在要不要奉迎天子建都许昌的问题上，曹军内部发生了争执。多数人不同意迎接献帝，理由是“山东未平，韩逼、杨奉新将天子到洛阳，北连张杨，未可卒制”(《三国志·魏书·荀彧传》)。唯荀彧、程昱坚持同意。荀彧还以古事为例劝说曹操，曹操终于奉迎献帝迁都许昌(今河南许昌东)。曹操被封为大将军、武平侯，程昱也封为尚书。从此造成曹操奉天子以令诸侯的战略优势，并为其此后统一战争(参见曹操统一北方的战争)的顺利实施，奠定了基础。