荀攸见曹操如此器重，于是便投奔曹操，入朝当了尚书。

在曹操的众多谋士中，荀攸的地位仅次于荀彧，也是贡献最大的之一。他在辅佐曹操过程中，共奉献重大计谋12次，每次都能使曹军绝处逢生或出奇制胜，成为曹操行必求计的重要谋士。

公元198年(建安三年)，荀攸随曹操征讨张绣。荀攸看出当时的形势对曹操很不利，就对曹操说：“张绣与刘表联合，互为犄角之势，但是张绣人马靠刘表供给，时间一久，刘表力不能支，必然与张绣分裂。我不如缓兵以待其变;若急切进攻，刘表必拼死相救，我军不易取到。那时就会形成进退维谷之势。”

曹操没听劝告，出兵对张绣作战，刘表果然发兵相救，曹军失利，曹操几乎死在那里。后来，曹操十分后悔地对人说：“这都是不听荀攸话的结果啊!”从此，曹操对荀攸言听计从，甚为倚重，再也不敢轻易否定他的意见了。

公元200年(建安五年)，著名的袁曹官渡之战拉开序幕，这是决定曹操一生命运的战役。二月，袁绍首先派大将颜良围攻白马(今河南滑县东)。四月，曹操亲自率军北上救白马之围。当部队正向前开进时，荀攸认为不能与实力悬殊的强大敌人正面对抗，他分析了当时的形势提出了声东击西、解救白马的作战方略。他认为袁绍兵多，应设法分散其兵力，于是劝曹操引兵先到延津，伪装渡河攻袁绍后方，使袁绍分兵向西应战，然后再派轻骑袭击进攻白马的袁军，攻其不备，一定可以打败颜良。