但也出现了反诘的声音，反诘的理由主要包括：①海猿在海洋中生活了400万年，并获得了一些适合于水中生活的海洋生物特征，但重返陆地后，为了适应陆地的生活条件，也应该丢掉这些不适应于陆地生活的特征———如不能对体内盐分进行精确的控制等，为什么在重返陆地后的几百万年中这些特征没有丢失?这显然是违反进化规律的;②对于造成的400万年的化石断档，“海猿理论”仍没有给予很好的解释。因为现在人们在大量发现海洋生物化石的同时，却从来没有找到过海猿的化石。显然这一理论又陷入了另一个方式的化石断档现象;③根据分子人类学研究的理论则得出，人与猿开始分化的时间距今500～400万年，这一点并不支持“海猿理论”。

鉴于二者难以调和的矛盾，于是一种折衷的“海陆双祖先复合理论”又诞生了。这种理论认为，人类祖先，一个是古猿，一个是海猿。对400万年的化石断档期他们提出的解释是，古猿与海猿在这期间发生了基因重组，于400万年前产生了“南方古猿”，而这种重组发生的时间极短，只用了几代到十几代的时间便完成，因而在较长的地质时期没有留下化石。这个理论看起来既可以说明人类化石进化的断档现象，又能说明人类为何有很多海洋生物的特点。然而，由于没有充分的证据及分子学上的支持，并没有得到很多学者的支持，便被搁置一边。正当争论困扰着人类学家时，从中国传来的研究结果似乎又再次支持了“海猿理论”。