然而，在他的军事生涯中，由于复杂的历史原因，他曾不由自主地卷入国共内战的漩涡，两度同共产党交恶。尽管孙立人曾经同共产党兵戎相见，但随着国民党军队打内战越来越不得人心，不断遭到人民解放军的沉重打击，丢城失地折兵，屡战屡败，特别是国民党军高级将领在战场上纷纷起义，对他触动很大，他不仅对战争胜利的信心逐渐降低，也开始怀疑起这场战争的正义性和必要性。他不愿意看到在缅北抗日战场上成长起来的新一军大批官兵倒在反共的战场上，更不愿意看到苦难的同胞刚从日寇的铁蹄下站起来，又陷入国共内战的火海。他对反共的内战日趋消极，“心情抑郁，意兴阑珊”。

孙立人热爱祖国，有强烈的爱国精神。国民党政权退踞台湾孤岛后，当时美国政府想抛弃腐败无能的蒋介石，让孙立人掌管台湾，使台湾脱离大陆，以维护其在远东的霸权。孙立人虽与美国许多政要、高级将领关系亲近，和当时炙手可热的马歇尔将军又是维吉尼亚军校的校友，但他不愿做民族的罪人，不愿看到被日本强盗占领了50年刚回到祖国怀抱的宝岛台湾又从祖国分裂出去，坚决拒绝了美国的要求。这鲜明地表明了他作为职业军人的品格。

针对孙立人这样的强手，早在1946年中国共产党就看出孙立人有被策反的可能，关键的问题是，到底找谁来策反孙立人?