永汉元年(189)九月，董卓废少帝刘辩，立献帝刘协。十一月，董卓自为相国，赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿。贾诩在此时以太尉掾为平津都尉，后升讨虏校尉。时董卓之婿中郎将牛辅屯兵于陕，贾诩便在牛辅军中辅军。

初平三年(192年)，董卓被王允等人诛杀，牛辅也死，众人恐惧。人董卓部下校尉李傕、郭汜、张济等人无所依靠，便遣使诣长安求赦。王允为人刚直，但却没有同意，李傕等人更加恐惧，不知所为，准备各自解散，逃回归乡里。

贾诩当时因为是董卓所部的官吏，为求自保，便出面阻止了他们，说：“闻长安中议欲尽诛凉州人，而诸君弃众单行，即一亭长能束君矣。不如率众而西，所在收兵，以攻长安，为董公报仇，幸而事济，奉国家以征天下，若不济，走未后也”(《三国志·魏书·贾诩传》)。此计为众人采纳。李傕等以替董卓报仇为名，联络西凉诸将，率军昼夜兼程，奔袭长安，及至长安城下，已聚合10余万之众。李傕与樊稠、李蒙等围攻长安城，因城防坚固攻而不克。后由城内叛变士兵引导李傕军入城，与守将吕布展开巷战，吕布兵败，仅率百余骑出逃。李傕等纵兵掳掠，吏民死者万余人，尸积满道。太常种佛、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等被杀。李傕等拥兵至南宫掖门，威逼献帝和司徒王允，封李傕为扬武将军、郭汜为扬烈将军、樊稠为中郎将。李催又杀司棣校尉黄琬、左冯翊宋翼、右扶风王宏和司徒王允及其妻子。一时间，京城腥风血雨，朝野大乱。